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分享★分子对接★第二期常见问题与软件分享

发布时间:2025-11-27

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本人已经做网络药理学、分子对接、分子动力学模拟等服务4年,总接单量超过2000,所做内容已见刊文章50+(已知)。本帖整理了第一期600+常见的分子对接常见问题的评论,做第二篇经验分享。(如有错误欢迎指正)

1:问的比较多的是如何做两个或以上最多五个小分子同时与蛋白对接,研究小分子的协同作用
使用Autodock Vina1.2.0以上版本,均可同时对接多个小分子,操作方法为准备好多个小分子的pdbqt文件,并在config文件中增加ligand = 小分子1.pdbqt,ligand = 小分子2.pdbqt…..(小分子12为你的分子文件名)既可

2:分子对接结果用pymol打开,展示氢键时却没有氢键。
一种情况为小分子或蛋白无亲水基团,本身没有氢键结合,只有疏水结合作用,需要在其他软件(Discovery Studio或LigPlot)中看疏水作用或者更详细的作用力。一种情况是pymol对氢键的识别不够全面,需要用Discovery Studio软件看氢键,更准确

3:蛋白的正确选择很重要。
不要只在PDB数据库查找蛋白结构,里面的标题会误导你选错蛋白,要联合Uniprot数据库。根据Uniprot数据库中每个蛋白的物种,蛋白中的每个结构域功能(比如膜外域、膜内域、磷酸化结构域),目标蛋白所在蛋白链(比如目标蛋白是ABCD四聚体蛋白中的C链),蛋白晶体解析的分辨率(小于3埃),正确选择蛋白

4:蛋白蛋白对接比较好用的工具:
我最常用的是Hdock1.1的本地部署版本,对接时,蛋白结构有小范围的柔性化,不至于两个蛋白对接后穿模,缺点是结果不是结合能,是结合打分,打分低于-200算结合好。ZDOCK是老牌工具。alpha fold3的对接结果很不理想,可能更适合预测蛋白结构。GRAMM Web效果比HDOCK和ZDOCK略差,可以凑活用。

5:老版本的Autodock4对接结果结合能很差。
是因为老版本的Autodock4的对接精度,采样次数,打分函数都很差,不建议常规使用。但是老版本的Autodock4是后续Autodock vina和vina-gpu版本使用的基础,可以不用但是必须会用才行。

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