1：问的比较多的是如何做两个或以上最多五个小分子同时与蛋白对接，研究小分子的协同作用
使用Autodock Vina1.2.0以上版本，均可同时对接多个小分子，操作方法为准备好多个小分子的pdbqt文件，并在config文件中增加ligand = 小分子1.pdbqt，ligand = 小分子2.pdbqt…..（小分子12为你的分子文件名）既可

2：分子对接结果用pymol打开，展示氢键时却没有氢键。
一种情况为小分子或蛋白无亲水基团，本身没有氢键结合，只有疏水结合作用，需要在其他软件（Discovery Studio或LigPlot）中看疏水作用或者更详细的作用力。一种情况是pymol对氢键的识别不够全面，需要用Discovery Studio软件看氢键，更准确

3：蛋白的正确选择很重要。
不要只在PDB数据库查找蛋白结构，里面的标题会误导你选错蛋白，要联合Uniprot数据库。根据Uniprot数据库中每个蛋白的物种，蛋白中的每个结构域功能（比如膜外域、膜内域、磷酸化结构域），目标蛋白所在蛋白链（比如目标蛋白是ABCD四聚体蛋白中的C链），蛋白晶体解析的分辨率（小于3埃），正确选择蛋白

4：蛋白蛋白对接比较好用的工具：
我最常用的是Hdock1.1的本地部署版本，对接时，蛋白结构有小范围的柔性化，不至于两个蛋白对接后穿模，缺点是结果不是结合能，是结合打分，打分低于-200算结合好。ZDOCK是老牌工具。alpha fold3的对接结果很不理想，可能更适合预测蛋白结构。GRAMM Web效果比HDOCK和ZDOCK略差，可以凑活用。

5：老版本的Autodock4对接结果结合能很差。
是因为老版本的Autodock4的对接精度，采样次数，打分函数都很差，不建议常规使用。但是老版本的Autodock4是后续Autodock vina和vina-gpu版本使用的基础，可以不用但是必须会用才行。

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